Древнейший московский монастырь был основан в 1282 году святым благоверным князем Даниилом Московским, младшим сыном князя Александра Невского, в честь своего небесного покровителя — преподобного Даниила Столпника. В 1330 году великий князь Иоанн Калита перевел братию монастыря в Кремль, и древние его строения постепенно пришли в запустение.
В середине XVI века монастырь был возобновлен царем Иоанном Грозным. Были обретены мощи благоверного князя Даниила. Во второй половине XVII века монастырь был окружен каменными стенами с восемью башнями, старый собор был за ветхостью разобран, а на его месте выстроен новый двухэтажный храм. Сильно перестроенный в XVIII веке, он сохранился до нашего времени.
При обители существовала богадельня для престарелых священнослужителей и вдов духовного сословия, на территории располагалось одно из древнейших московских кладбищ. Здесь обрели место своего последнего упокоения многие иерархи Церкви, а также такие деятели русской культуры, как Гоголь, Языков, Перов, Рубинштейн.
Формально в 1918 году монастырь был закрыт, но монашеская жизнь в обители продолжалась еще более 10 лет. С 1930 года в нем размещалась колония для несовершеннолетних преступников. И только в мае 1983 года монастырь был возвращен церкви. За пять лет он был восстановлен, устроено две новых церкви и часовни.