В конце 15 века в Москве между Рождественкой и рекой Неглинной был построен Пушечный двор. Севернее возникла слободка кузнецов и конюхов Пушечного двора. А в 16 веке к северу от этой слободки поставили на улице церковь Николы Божедомского. Храм посвятили Николаю Чудотворцу, следуя принятым тогда на Руси традициям.
В письменных источниках 1619 года церковь упоминается как деревянная. Она неоднократно горела, но каждый раз восстанавливалась средствами прихожан. А с 1657 года Божедомская церковь упоминается уже как каменная.
Тогда же по указу царя Алексея Михайловича в этом уголке Москвы появилась новая слобода – Звонарская. Здесь стали расселять звонарей колокольни Ивана Великого, при которой служило сорок восемь человек.
С тех самых пор Божедомский храм на улице Рождественке стали именовать по новому – "Никола в Звонарях". Название это закрепилось надолго и дошло до наших дней.
Сегодня храм является Патриаршим подворьем Пюхтицкого Свято-Успенского ставропигиального женского монастыря, далекого, находящегося совсем в другом государстве – в Эстонии.