Обитель Троице-Сергиевой лавры, в которой располагается Московская духовная академия, стала спасительной для юного царя Петра во время его напряженнейших отношений со сводной сестрой царевной Софьей. В благодарность за спасение Петр I построил новый царский дворец вместо старых палат. От той эпохи из предметов обихода почти ничего не сохранилось. Только "думная дорожка" напоминает, что когда-то здесь был один из "царских чертогов", где величаво ступала и нога дочери Петра Первого. Именно Петр I в 1701 году присвоил учебному заведению статус государственной академии. Семинарии со всей России направляли своих лучших студентов в Московскую академию. Самым знаменитым выпускником академии был Михаил Ломоносов.
Академия с высоты своего более чем трехсотлетнего опыта утверждает, что только гармоничное сочетание духовной жизни и богословского знания может обеспечить устойчивое развитие богословия. Наука не стоит на месте, в том числе и богословие.